Salam dalam kasih Tuhan Yesus Kristus,
Dalam rangka meningkatkan kualitas Sumber Daya Manusia, Sidang Badan Pekerja Sinode GMIM dalam hal ini Yayasan Pendidikan dan Persekolahan Kristen GMIM membuka sekolah "Model" (Binaan Khusus) setingkat SMU untuk tahun ajaran 1993/1994 dengan memperhatikan hal-hal sebagai berikut:
- tiap wilayah mengutus 2 orang siswa utusan dengan rekomendasi Bakorwil
- lokasi persekolahan di ex. Gedung SPG-Kristen, sekaligus diasramakan
- pembinaan rohani para siswa teladan
- murid SMA (SMU) Model adalah warga GMIM
- teknis operasional diserahkan kepada Yayasan (YPPK)
- dijajaki kemungkinan dibuat monumen guru di Kuranga

(dari buku "Keputusan-keputusan SBPSL ke-71 1993 di Tenga, Kab. Minahasa"; SK. BPSL.71/1993 Tentang Program Umum & ABP GMIM 1993-1994, Bab I, Bagian C. no. 6.1.1. hal 17)

Sedangkan bidang-bidang sasaran SMU Kristen Model Tomohon adalah sebagai berikut:
1. Bidang Akademik ( Tinggi Ilmu)
2. Bidang Religius (Tinggi Iman)
3. Bidang Patriotik (Tinggi Pengabdian)

Dalam perkembangan selanjutnya, SMU Kristen "Model" Tomohon diserahkan pengelolahannya kepada SMU Kristen 1 Tomohon dibawah pengawasan dari YPPK-GMIM. Dengan demikian, penyebutan sekolah ini adalah SMU "Model" ( Binaan Khusus) di SMU Kristen 1 Tomohon.

Untuk dapat menjadi  lancar kegiata hariannya, SMU Kristen "MODEL" Tomohon yang berlaku sejak tahun 1993 sebagai angkatan pertamanya, berlokasi di eks. Asrama SPG Kristen Tomohon, dipercayakan untuk memimpinnya adalah Pdt.Sammy L.Langelo,S.Th. Pada masa Pdt.Langelo, disiplin selalu ditegakkandengan berpegang teguh pada prinsip yang Yesus Kristus ajarkan kepada murid-muridNya (disiplin itu sendiri berasal dari kata Latin disciplina, yang dikembangkan dalam bahasa Inggris disciple dan discipline, dimana disciple artinya murid-murid Tuhan Yesus, dan discipline adalah disiplin).

SMU Kristen Tomohon mendapat bantuan 20 unit komputer dari MPPK lewat Bapak Dr.Agus Tangyong, MA.,MA. bulan Juli 1995 yang kemudian direalisasikan pada tahun 1996. Hal ini menambah jam pelajaran sekolah ini dengan mata pelajaran khusus Komputer, dengan materi pelajaran DOS/WS/Lotus.

Setelah sekitar satu setengah tahun memegang jabatan Kepala / Pengawas Asrama MODEL (kelas binaan khusus), maka Pdt. S.L.Langelo kemudian diganti oleh Pdt. Ibrahim Senduk Karundeng,S.Th. (setelah pada masa peralihan sebelumnya yang dipegang sementara oleh Pdt. D.M.Mandang, STh. dan berikutnya oleh ibu Dra.Ny.S.Dien-Mamuaja,S.Pd.) Bapak Pdt I.S.Karundeng kesehariannya dibantu oleh dua guru SMU Kristen 1 Tomohon, yaitu Drs. Jaya Pramono dari UKSW Salatiga dan Zeth Mangeber, SPd.

Pada Tahun Ajaran 1996/1997, setelah sekitar 1,5 tahun memegang jabatan sebagai Kepala Asrama, Pdt.I.S.Karundeng,STh. diganti oleh John Alexander Rondonuwu yang juga merupakan Kepala Tata Usaha SMU Kristen 1 Tomohon sejak tanggal 6 Januari 1975 hingga saat ini (2002). Bapak Rondonuwu akrab dipanggil Kak Jhon karena beliau adalah Kepala Pembina Pramuka (scout) se-Minahasa. 

Pada bulan Maret 1998, Kak Jhon Rondonuwu diganti oleh Guru Agama SMU Kristen 1 Tomohon yang juga merupakan pembina rohani/bimbingan kerohanian Asrama MODEL SMU Kristen 1 Tomohon yaitu Pdt.Jeffry Kalalo, S.Th. 

Setelah itu, Asrama SMU MODEL diawasi langsung oleh YPPK dan dijaga oleh guru sekolah, diantaranya adalah Ferly Rau, SPd.

Suasana Makan Bersama Penghuni Asrama SMU Kristen Model Tomohon

  Berdasarkan Keputusan Rapat Badan Pekerja Sinode Lengkap ke-15 Tahun 2002 di Jemaat "Torsina" Tumumpa Wilayah Manado Utara III, maka Kelas Binaan Khusus pada SMU Kristen I Tomohon, ditingkatkan/dimekarkan menjadi institusi yang berdiri sendiri menjadi SMU Kristen II Tomohon.
Tahun Pelajaran 2003-2004, SMU Kristen II Tomohon dengan manajemen persekolahan modern yang terfokus pada iklim pembelajaran yang berwawasan keunggulan dan bernuansa Kristiani membuka Pendaftaran Calon Siswa Baru, dengan syarat:

1. MEMILIKI SURAT TANDA KELULUSAN (STK) DENGAN NILAI RATA-RATA MINIMAL 7, KHUSUS MATA PELAJARAN; MATEMATIKA, IPA dan BAHASA INGGRIS 6,5
2. LULUS SELEKSI MELIPUTI TES POTENSI AKADEMIK, TES PSIKOLOGI dan KESEHATAN.
3. BERSEDIA TINGGAL DI ASRAMA.

Pendaftaran berlangsung sampai dengan tanggal 28 Juni 2003 (Kompleks SMU Kristen I Tomohon) selama jam kerja dengan membawa dokumen pendaftaran, sebagai berikut:
1. Akte Kelahiran 3 lembar fotocopy
2. STK SLTP asli, bersama 3 lembar fotocopy
3. Pasfoto 3 lembar, dengan ukuran 3x4 cm
4. Rapor Kelas I, II, III SLTP